19世紀イギリスのコーンウォール。「ジャマイカ亭」と名付けられた一軒の宿屋に、経営者の妻である伯母を訪ねて、母親を亡くし孤児となったメアリーがやって来た。しかしその宿屋は、近隣を航海する船を難破させては金品を奪い、乗組員の命をも奪う海賊たちの巣窟となっていた。メアリーは縛られ吊るされていた探偵ジェム・トレハーンを救い出し、二人で治安判事である町の名士ハンフリー・ベンガラン卿に助けを求めるが、彼こそが海賊たちを影で操っていた黒幕だったのだ。